La historia está ambientada en el Japón de la era Edo. El protagonista, Manji, es un guerrero que tiene una gran ventaja sobre sus rivales: ninguna herida lo puede matar. En el pasado mató a otros 100 samuráis, entre ellos el marido de su hermana. Una monja anciana, de la que se dice que tiene 800 años, le concede el don de la inmortalidad mediante unos gusanos llamados kessenchū, que le curan cualquier herida y hasta restauran miembros amputados aunque la amputación haya sido hace horas. La muerte de su hermana lo lleva a aceptar la misión que acabará con su inmortalidad: debe matar a 1000 hombres malvados para redimirse.
Manji se cruza con una joven llamada Rin Asano y le promete ayudarla a vengar a su familia, que fue asesinada por un grupo de expertos espadachines liderado por Kagehisa Anotsu. Anotsu mató al padre de Rin y a su dōjō al completo. La misión de Anotsu es que su dōjō, el Ittō-ryū, basado más en la destreza de cada uno que en las técnicas, unifique a todas las escuelas de esgrima del país, y ya ha empezado a tomar o destruir otras escuelas de esgrima.

Además, se crea otro grupo llamado Mugai-ryū y opuesto al Ittō-ryū. Su auténtico liderazgo y su motivación son un misterio, pero sus métodos (cualquier táctica que conduzca a la victoria) se parecen a los del Ittō-ryū.

Personajes de la Espada del Immortal

• Manji: es el personaje principal de la historia; es samurái; adquirió su inmortalidad después de que una anciana sacerdotisa le introdujera unos gusanos llamados ermitaños de la sangre en el cuerpo, son estos gusanos los que regeneran su cuerpo, y para poder librarse de ellos y morir se ha propuesto matar a mil hombres malvados como penitencia por haber matado a 100 compañeros suyos.
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• Rin Asano: hija de un maestro samurái, líder de la escuela Mutenichi-ryū; busca vengar la muerte de sus padres a manos de una escuela rival y para ello consigue la ayuda de Manji.

• Kagehisa Anotsu: líder de la escuela Itto-ryu; busca unificar todas las escuelas de esgrima del Japón bajo el código de la suya; asesinó al padre de Rin bajo este propósito.

• Makie Otonotachibana: proviene de una familia de samuráis; posee un talento innato para la espada, lo cual le ha traído muy malas experiencias desde su niñez, fue durante esa época cuando conoció a Kagehisa Anotsu.

Armas

• Manji: su arma preferida serían las Cuatro Vías o la Tatsumasa de hierro colado. Ademas utiliza 12 armas que tiene escondidas por todo el cuerpo y que principalmente saca por sus mangas.

• Rin: el arma de Rin son los Insectos Dorados, pequeños puñales de 14 centímetros. Rin lleva escondidos unos 20 en todo el cuerpo. Tambien utiliza una "katana" extranjera.

• Kagehisa Anotsu: su arma preferida es una hacha. Tambien maneja con soltura la espada, pero esta la utiliza con menos frecuencia

Premios

• Ganadora en 1998 del Media Arts Awards (unos premios concedidos anualmente por la Agencia de Asuntos Culturales del Ministerio de Educación japonés) en la categoría de manga.
• Nominado en los Premios Eisner 1999 en la categoría de Mejor Obra Extranjera.
• Ganadora del Premio Eisne 2000 a la Mejor Obra Extranjera.
• Ganadora del Eagle Awards en 2007 como mejor manga.